Das geht mit der Property: Marshaller.JAXB_FRAGMENT
Wenn die auf true gesetzt wird, erscheint der XML Tag nicht mehr.
Hier ein komplettes Beispiel für die Serialisierung:
JAXBContext jaxbContext = JAXBContext.newInstance(Map.class);
Marshaller marshaller = jaxbContext.createMarshaller();
// Verhindern des tags:
marshaller.setProperty(Marshaller.JAXB_FRAGMENT, Boolean.TRUE);
marshaller.setProperty(Marshaller.JAXB_FORMATTED_OUTPUT, Boolean.TRUE);
marshaller.marshal(freemindMap, outFile);